Organization

This is a study-lab course in which topics are presented by short texts, practical sessions are introduced and explained and assignments are completed by students. It is made of seven units: three theoretical units, each followed by a practical unit. In order to exemplify the use of the proposed methods and models, a final unit is devoted to a case study on benthic macroinvertebrates in the Po River delta, providing the data, the R code and some interpretative comments. In what follows we are going to use published scientific material for the short theoretical texts, often adopting the (possibly slightly modified) authors' words. In these cases sources and authors are always acknowledged at the end of the section. Practical units are based on the use of the R software, with purpose-specific libraries and functions. For these sessions we make use of library manuals, but examples and the case study were developed on purpose. Quizzes are given following every unit, together with practical assignments to be addressed with the R software.

After this introductory unit, the first practical unit will be devoted to briefly introduce the R software. Biodiversity partitioning will be the subject of the next two units, where methodology and software for α, β and γ diversity profiling will be described and applied to a sample data set. The theory behind mixed effects modeling will be sketched and applied to investigate the variation of biodiversity measures. The last practical unit exemplifies the use of the R implementation of mixed effects modeling routines with data from ecological surveys. Finally we will summarize and exemplify the proposed methods with the complete analysis of a case study.

Organizzazione

Il presente é un corso studio-laboratorio nel quale gli argomenti sono presentati tramite brevi testi, sessioni pratiche sono introdotte e esemplificate e gli esercizi saranno completati dagli studenti. Il corso é composto da sette unitá: tre teoriche, ognuna della quale seguita da un'unitá pratica. Per poter spiegare l'uso dei metodi e modelli proposti, un'unitá finale é dedicata a un case-study sui macroinvertebrati bentonici nel delta del fiume Po, fornendo i dati, il codice "R" ed alcuni commenti interpretativi. Si utilizzerá per le brevi nozioni teoriche materiale scientifico pubblicato, adottando il testo dell'autore (eventualmente leggermente modificato). In questi casi fonti e autori sono sempre riportati alla fine dell'unitá. le unitá pratiche sono basate sull'uso del software R, unito a specifeche librerie e funzioni. In queste seesione si utilizzeranno i manuali delle librerie, mentre gli esempi e il case-study sono stati sviluppati esclusivamente per questo corso. Dopo ogni unitá vi sono dei quiz, comprendenti anche delle esercitazioni pratiche per l'uso del software R.

Dopo l'unitá introduttiva, la prima unitá pratica sará dedicata ad una breve introduzione al software R. Le due unitá successive si occuperanno di biodiversitá, dove saranno descritte metodologie e software per la profilazione delle diversitá α, β e γ e applicate ad un dataset d'esempio. La teoria dei modelli a effetti misti (mixed effects modeling) sará accennata ed usata per verificare la variazione delle misure di biodiversitá. Nell'ultima unitá pratica si esemplifica l'uso delle routine per i modelli a effetti misti implementati con R e utilizzando dati da un'indagine ecologica. Infine si riepilogheranno e esemplificheranno i metodi proposti tramite l'analisi completa del case-study.